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第一章 生物信息学分析基础工具与平台配置1

第一节 文本编辑器1

一、常用的文本编辑器1

二、UltraEdit2

三、Vi编辑器2

第二节 Linux系统基础3

一、软件安装3

二、PATH路径设置5

三、必备Linux命令5

四、Linux系统的输出重定向与管道7

五、中文版Linux改为英文版8

六、开启FTP服务8

第三节 生物信息学实验室局域网10

一、生物信息学局域网实例10

二、远程登录10

第四节 Windows系统下构建本地BLAST12

一、BLAST的下载安装12

二、Blast的使用12

三、实例讲解14

参考文献18

第二章 生物信息数据库的使用与构建19

第一节 NCBI数据库资源19

NCBI数据库检索21

第二节 数据存储格式22

一、FASTA格式22

二、FASTQ格式23

三、Genebank格式23

四、EMBL格式25

五、采用XML实现生物数据库的整合26

第三节 著名的生物信息学数据库28

第四节 生物信息学数据库的构建方法30

一、Apache的安装与启动30

二、MySQL的安装与配置31

三、PHP的安装与配置33

四、不能安装的情况35

五、利用Windows Server搭建数据库服务器35

参考文献38

第三章 基于蛋白质结构的计算机辅助药物设计40

第一节 蛋白质二级结构40

一、α螺旋41

二、β片层41

三、β转角41

四、蛋白质二级结构预测41

第二节 蛋白质结构数据库及其检索45

一、PDB数据库检索47

二、蛋白质结构数据的存储格式48

三、蛋白质结构可视化50

第三节 蛋白质结构的预测53

一、国际蛋白质结构预测技术评估大赛（CASP）53

二、利用SWISS-MODEL预测蛋白质的三级结构54

第四节 分子对接工具Autodock55

一、Autodock程序的安装56

二、小分子的来源和处理57

三、大分子的处理57

四、两个参数文件（gpf和dpf）的设置59

五、结果的处理62

第五节 分子模拟原理与工具63

一、分子模拟的主要方法63

二、分子模拟常见工具64

第六节 分子动力学模拟工具Amber65

一、生成小分子模板66

二、处理蛋白质文件68

三、生成拓扑文件和坐标文件69

四、能量优化73

五、LEAP使用75

六、MD过程77

七、VMD的使用80

八、观看并保存图像的步骤81

九、RMS计算81

十、结果数据处理82

参考文献83

第四章 转座子的生物信息学分析86

第一节 转座子的分类86

一、分类级别86

二、自主与非自主转座子89

三、转座子的命名90

四、转座子的生物信息学分析90

五、重复序列挖掘工具91

第二节 RepeatMasker和RepeatModeler92

一、RepeatMasker的安装93

二、RepeatModeler的安装95

三、RepeatMasker的操作98

四、RepeatMasker搜索的过程99

五、两个Perl程序100

六、联合多个重复序列数据库101

七、RepeatMasker的其他参数102

八、Out结果文件103

九、RepeatModeler的使用105

第三节 LTRharvest105

第四节 序列去冗余107

第五节 Circos绘图108

一、Circos的安装109

二、Circos的颜色112

三、图像分析114

四、核型文件116

五、ideogram标签117

六、连接117

七、图像输出118

八、直方图119

九、Highlights图120

十、容易出现的问题122

参考文献122

第五章 生物信息学资源126

第一节 网络资源126

一、在线工具链接Expasy126

二、常用生物软件分类与下载127

三、生物信息学中文论坛128

第二节 期刊与机构129

一、生物信息学期刊129

二、生物信息学机构129

第三节 在线小工具131

一、开放阅读框查找工具ORF Finder131

二、绘制GO注释结果132

三、蛋白质组成和稳定性分析ProtParam133

四、启动子区预测工具Promoter133

五、序列logo133

六、蛋白质序列综合分析工具PredictProte135

七、信号肽135

八、比较分析图绘制工具VENNY135

第四节 生物信息学分析软件137

一、EMBOSS137

二、EMBOSS运行示例137

三、综合序列分析软件DNAstar140

四、分子生物学常用工具简介144

参考文献147

第六章 分子进化149

第一节 分子进化基础149

一、构建进化树的算法149

二、进化树格式150

三、进化树的图形显示150

四、进化软件152

第二节 通过phylip构建进化树153

一、准备153

二、通过Clustal将Fasta格式的序列进行比对并保存为phy格式154

三、使用seqboot设置重复数量156

四、通过似然法计算进化树157

五、构建一致树158

六、图片制作160

参考文献161

第七章 生物信息学编程基础163

第一节 Perl语言163

一、CPAN163

二、正则表达式164

三、Bioperl的安装165

第二节 统计语言166

一、R语言166

二、其他统计分析工具166

参考文献166

附录一 生物信息学常用词汇表一168

附录二 生物信息学常用词汇表二170